به‌طور تاریخی، رابطه بین اقتصاد سیاسی و اقتصاد متعارف، رابطه‌‌‌ای ویژه بوده است. کارل مارکس زیرعنوان «انتقادی بر اقتصاد سیاسی» را برای کتاب شناخته‌‌‌شده خود «سرمایه» برگزید و بر همین سیاق، بسیاری از چپ‌‌‌گرایان نیز از این برچسب برای به چالش کشیدن اقتصاد متعارف استفاده کرده و می‌‌‌کنند. در همین حال، اقتصاد سیاسی یکی از موضوعاتی است که اقتصاددانان کلاسیکی مانند آدام اسمیت نیز آن را به‌طور سیستماتیک بررسی کرده‌‌‌اند. دلیل چنین عمومیتی آن است که اقتصاد سیاسی به‌طور تاریخی آن شاخه‌‌‌ای از علوم اجتماعی بوده که به پرسش «چگونه سیاست بر اقتصاد تاثیر می‌‌‌گذارد» پرداخته است.
با این حال، آنچه امروز «اقتصاد سیاسی جدید» نامیده می‌‌‌شود، یک رشته دانشگاهی نسبتا جوان است که نه‌تنها براساس پرسش مرکزی خود بلکه بیش از آن با شیوه پاسخ‌‌‌گویی به این پرسش و استفاده از ابزارهای رسمی و فنی تحلیل اقتصادی مدرن در تحلیل رابطه متقابل سیاست و اقتصاد تعریف می‌‌‌شود. در واقع، اقتصاد سیاسی جدید انگشت تاکید را بر جایی می‌‌‌گذارد که اغلب بهعنوان نقطه کور نظریه اقتصادی مدرن در نظر گرفته می‌‌‌شود: فقدان یک چارچوب نظری برای شیوه تصمیم‌‌‌گیری‌‌‌های غیربازاری. تا پیش از نیمه دوم قرن بیستم، دولت در نزد اقتصاددانان بهعنوان یک دیکتاتور خیرخواه، یعنی نگهبان افلاطونی بهروزی عمومی، در نظر گرفته می‌‌‌شد. این نگاه، مساله رشد اقتصادی را به یک مشکل فنی یا محاسباتی فرومی‌‌‌کاست؛ چراکه فرض می‌‌‌کرد سیاست‌‌‌های خوب به‌‌‌محض یافته‌شدن، اجرا می‌‌‌شوند.
اقتصاد سیاسی جدید با نقد این نگرش به سیاستگذاری و با تمرکز بر مسائل کلان اقتصادی، مانند چرخه‌‌‌های تجاری سیاسی، در دوره پس از جنگ جهانی دوم پدیدار شد و در ادامه، راه خود را به سوی تحلیل طیف گسترده‌‌‌ای از مسائل اقتصادی از جمله مساله کانونی توسعه گشود. نیمه دوم قرن بیستم همچنین شاهد گرایش فزاینده علوم اجتماعی و به‌ویژه اقتصاد به مدل‌‌‌های انتزاعی و رسمی مانند نظریه بازی بود که ابزارهای موثری را برای تحلیل‌‌‌های اقتصاد سیاسی فراهم می‌‌‌آورد. به‌طور خلاصه، اقتصاد سیاسی جدید با مدل‌‌‌سازی رسمی انتخاب‌‌‌های جوامع بهعنوان پیامدهای تعادلی تعامل استراتژیک افراد عقلانی، چارچوب نظری پرباری را برای درک پویایی‌‌‌های ملت‌‌‌ها فراهم آورد. پنجاه‌وششمین جایزه نوبل اقتصاد، بزرگداشت این رهیافت به علل موفقیت و شکست ملت‌‌‌هاست.
دارون عجم‌‌‌اوغلو، سایمون جانسون و جیمز رابینسون، در دو مقاله اثرگذار خود، «خاستگاه‌‌‌های استعماری توسعه تطبیقی: یک بررسی تجربی» (۲۰۰۱) و «واژگونی اقبال: [نقش] جغرافیا و نهادها در توزیع درآمد در جهان مدرن» (۲۰۰۲) بر این پرسش تمرکز می‌‌‌کنند که چرا کشورهای غیراروپایی که در سال ۱۵۰۰ ثروتمندترین بودند، ۵۰۰سال بعد به فقیرترین کشورهای جهان تبدیل شدند. این واژگونی نشان می‌‌‌دهد که موفقیت اقتصادی بلندمدت را نمی‌‌‌توان بهعنوان نمونه به مواهب ناشی از جغرافیا تقلیل داد، بلکه مسیرهای کامیابی یا پریشانی را باید در جایی دیگر جست‌وجو کرد. عجم‌‌‌اوغلو و همکارانش ادعا می‌‌‌کنند، روند واژگونی اقبال در ۵۰۰سال گذشته ناشی از نهادهای متفاوتی بوده که توسط اروپایی‌‌‌ها در این کشورهای مستعمره تاسیس شده بودند. این نهادها خود تفاوت شرایط اولیه کشورها را منعکس و در همین حال، مسیر آتی کشورها را تعیین کرده‌‌‌اند.
منظور از نهادها در اینجا، قواعد و محدودیت‌‌‌های رسمی و غیررسمی است که به تعاملات سیاسی، اقتصادی و اجتماعی در سطح جوامع شکل می‌‌‌دهند. عجم‌‌‌اوغلو و همکاران استدلال می‌‌‌کنند که اروپاییان در مناطق ثروتمند و پرجمعیت که عمدتا با شیوع گسترده بیماری‌‌‌های واگیردار دست به گریبان بودند، «نهادهای بهره‌‌‌کش» را برای انتقال دستاوردهای اقتصادی بومیان به خود طراحی کردند. این نهادهای بهره‌‌‌کش طی زمان به نظام‌‌‌های فاسد و دزدسالاری تبدیل شدند که امروزه کشورهای بسیاری را در آفریقا، آسیا و آمریکای لاتین در دام فقر گرفتار کرده‌‌‌اند. در نقطه مقابل، اروپایی‌‌‌ها در مهاجرت به نقاط کم‌‌‌جمعیت و کمتر ثروتمند، «نهادهای فراگیر» را که برای رشد اقتصادی بلندمدت مفید بودند، تاسیس کردند. نتیجه، شکل‌گیری نهادهای حامی مالکیت خصوصی و حاکمیت نظم و قانون در آمریکای شمالی و استرالیای کم‌‌‌جمعیت بود که مسیر بهروزی آتی این کشورها را تضمین کردند. این همان روایت جذاب و تاثیرگذاری است که از دیدگاه آکادمی سلطنتی علوم سوئد شایسته دریافت جایزه نوبل شمرده شده است.
اعطای جایزه نوبل به یک شاخه خاص از دانش اغلب موجب می‌‌‌شود تا توجه نه‌تنها پژوهشگران بلکه عامه مردم به موضوع جذب شود. در همین حال، افزایش محبوبیت عمومی یک شاخه خاص از دانش با این مخاطره مواجه است که مفاهیم اصلی طی فرآیند عمومی‌‌‌سازی و ساده‌سازی با اعوجاج مواجه شوند. این خطر در جامعه ایرانی که در آن تحلیل‌‌‌های اقتصاد سیاسی تا پیش از این هم با بد‌‌‌فهمی همراه بوده، بیش از پیش احساس می‌‌‌شود. اقتصاد سیاسی جدید، هیچ‌‌‌گاه یک پارادایم علمی در مقابل دانش اقتصاد متعارف نبوده و نیست. نقطه تمایز اقتصاد سیاسی با اقتصاد متعارف آنجاست که سیاست نه بهعنوان یک جعبه‌سیاه، بلکه بهعنوان مجموعه‌‌‌ای از بازیگران با اهداف و انگیزه‌‌‌های فردی در نظر گرفته می‌‌‌شود. استفاده از برند «اقتصاد سیاسی» برای زیر سوال بردن نظریه اقتصاد متعارف، در بهترین حالت نوعی شارلاتانیسم علمی است.
